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医療費控除とセルフメディケーション税制を自分で申請する（確定申告・2つの制度の使い分け）

本記事は2026年6月27日時点の公開情報に基づきます。金額・要件・受付期間はいずれも変更されることがあるため、申請前に必ず公式サイトで最新情報をご確認ください。

この記事が整理すること

確定申告で医療費控除を申請しようとしたとき、「セルフメディケーション税制とはどう違うのか」「どちらを選べばよいのか」で迷った方は多いと思います。似た名前の制度が並んでいるため、関係性がわかりにくいのは無理もありません。

この記事では、次の3つを整理します。

1つ目は、医療費控除とセルフメディケーション税制が「選択適用」の関係にあるという前提の整理です。両方を同時に使うことはできません。

2つ目は、それぞれの制度の計算の仕組みと申請手順の実務です。どの医療費が対象になるか、家族分を合算できる範囲はどこまでか、通院交通費はどこまで含められるか、といった判断基準を具体的に説明します。

3つ目は、どちらが有利かを判断する考え方です。年間の医療費の額と、市販薬の購入額に応じて、選ぶべき制度は変わります。

本記事は情報提供を目的としており、個別の申請代行・書類作成代行・税務上の助言は行いません。

制度の全体像

医療費控除とセルフメディケーション税制は、どちらも「所得控除」の一種です。所得控除とは、課税される所得の金額を減らすことで税負担を軽減する仕組みです。どちらの制度も確定申告で手続きします。

比較項目医療費控除セルフメディケーション税制
対象病院・薬局等への支払いが主（家族分合算可）スイッチOTC医薬品等の購入費
控除の下限10万円（総所得200万円未満は総所得の5%）12,000円
控除の上限200万円88,000円
健診等の要件不要申告者本人が要件を満たす健診等を受けていること
申請窓口確定申告（税務署）確定申告（税務署）
選択関係両制度はいずれか一方のみ。併用不可同左

申請者は本人で、いずれも確定申告による自己申請です。

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この章では、実際の数字を使って「どちらを選ぶと節税額が大きいか」を最後まで計算します。あくまで制度の仕組みを理解するための一例であり、実際の税負担の軽減額は所得・税率・医療費の内訳によって変わります。

想定するのは、次のような40代の会社員のケースです。

まず医療費控除を選んだ場合を計算します。

医療費控除の控除額は、「実際に支払った医療費 − 保険金等の補填額 − 基礎控除額」で求めます。このケースでは補填を受けた保険金はなく、医療費の合計は8万円です。

基礎控除額は、総所得が200万円以上の場合は一律10万円です。

8万円（医療費合計） − 10万円（基礎控除額） = マイナス2万円

控除額がマイナスになるため、医療費控除は適用できません。つまりこのケースでは、病院や薬局での支払いが年間10万円に満たないため、通常の医療費控除は使えない状況です。

次に、セルフメディケーション税制を選んだ場合を計算します。

セルフメディケーション税制の控除額は、「購入した対象医薬品の合計 − 保険金等の補填額 − 12,000円」で求めます。

3万円（OTC医薬品購入費） − 12,000円（下限） = 18,000円

この18,000円が「控除できる金額」です。所得控除は、課税所得を減らす効果があります。所得税率20%の場合、節税額は次のように計算できます。

18,000円 × 20% = 3,600円（所得税の節税）

さらに住民税（税率は一般的に10%）への影響も考えると、

18,000円 × 10% = 1,800円（住民税の節税）

合計でおおむね 5,400円 の節税効果が見込まれます。

この計算から、このケースでは医療費控除は利用できないのに対し、セルフメディケーション税制なら約5,400円の節税が可能であることがわかります。医療費が10万円を下回る年でも、対象OTC医薬品を年間12,001円以上購入していれば、セルフメディケーション税制を使う価値があります。

ここで重要な点を1つ強調します。この2つの制度は、一度確定申告書を提出した後に選択を変更することができません。更正の請求や修正申告でも変更できないと国税庁は明示しています。どちらを選ぶかは、申告前に医療費と医薬品購入費の合計を集計した上で慎重に判断してください。

この1ケースから見えてくるのは、「年間医療費が10万円を超えるかどうか」が最初の分岐点だということです。超えるなら医療費控除が有力、超えないがOTC医薬品を毎月一定額購入しているならセルフメディケーション税制が有力、という目安で考えると判断がつきやすくなります。

続くこの続きでは、各制度の対象範囲の判断基準・家族合算の実務・通院交通費の記録方法・確定申告の手順・書類の準備・両制度の比較計算例（複数ケース）・チェックリスト・FAQを解説します。

ここから先は、申請に直結する実務です。

医療費控除の対象となる医療費の判断基準

医療費控除を実際に申請する前に、どの支払いが対象になるかを確認することが最初のステップです。国税庁の情報（No.1122）をもとに整理します。

対象となる主な医療費は次の通りです。

医師や歯科医師による診療・治療の費用が対象です。保険診療の自己負担分だけでなく、自由診療（保険外診療）の費用も、治療目的であれば対象になります。

治療のために処方された医薬品の購入費が対象です。市販薬であっても、医師の処方や指示に基づき治療のために購入したものは対象になります。一方、疲労回復や体調を整える目的で購入したビタミン剤やドリンク剤は対象になりません。

病院・診療所への入院費は、部屋代や食事代も含めて対象です。ただし、患者の都合で入室した差額ベッド代は対象外になることがあります。

コルセット・義足・松葉杖・補聴器などの医療用器具の購入費・賃借料が対象です。

看護師や家政婦に患者の世話を依頼した費用（入院中や自宅療養中）も対象になります。

対象にならない主な支払いは次の通りです。

健康診断費用は、原則として対象外です。ただし、健康診断を受けた結果、重大な疾患が見つかり、すぐに治療を受けた場合は、健康診断費用も含めて対象になる場合があります。

美容目的の整形手術費用は対象外です。

予防目的のビタミン剤や健康補助食品は対象外です。

眼鏡・コンタクトレンズの費用は、病気の治療目的でなければ原則として対象外です（斜視や弱視の治療用の場合は対象になることがあります）。

セルフメディケーション税制の対象医薬品は、通常の医療費控除でも対象になります。ただし、後述する通り、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらを使うかで、扱いが変わります。

家族分を合算する方法

医療費控除は、本人の医療費だけでなく「生計を一にする配偶者やその他の親族」の医療費も合算することができます（国税庁No.1120）。

「生計を一にする」とは、同居している場合だけでなく、同居していなくても、生活費や学費などを共同して負担している親族も含まれます。離れて暮らす学生の子どもや、実家の親への仕送りがある場合でも、生活費を実質的に同一の財源から負担していれば生計を一にしていると考えられます。

実務上のポイントとして、医療費を「誰が実際に支払ったか」が重要です。生計を一にする親族の医療費であっても、申告者本人が支払ったものだけが合算の対象になります。家族の立替払いで後日精算された場合は、実際の支払者が申告することになります。

合算する際は、家族ごと・医療機関ごとに領収書をまとめて整理しておくと、後から明細書を作る際に手間が省けます。医療費通知（健康保険組合や国民健康保険が発行するもの）を受け取っている場合は、その内容を明細書の記載に利用することができます（通知に記載のない費用や医薬品代などは別途記載が必要です）。

通院交通費の記録方法

通院交通費は、種類によって対象になるものとならないものが分かれます。

電車・バス・地下鉄などの公共交通機関の運賃は対象です。領収書が出ない場合が多いため、通院した日付・行き先・利用した交通機関・金額をメモやスプレッドシートで記録しておくことが必要です。Suicaなどの交通系ICカードの明細は、金額の根拠として活用できます。

タクシー代は、原則として対象外です。ただし、夜間に緊急で病院に行った場合・骨折などで公共交通機関に乗れない状態だった場合・病気や手術後で公共交通機関での移動が困難と判断される場合など、公共交通機関を利用できない合理的な理由がある場合は対象になります。国税庁の具体的な事例（No.5/21）では、入院のために使ったタクシー代が対象になった例が示されています。タクシーを使った場合は、その理由と領収書を保管しておきましょう。

自家用車のガソリン代や駐車場料金は対象外です。

付き添いの家族の交通費については、患者の年齢や病状から見て一人で通院させることが困難な状況（小さな子ども・意識状態が不安定な患者など）であれば、付き添い者1人分の交通費も対象になります。ただし、患者本人が一人で通院できる状態であれば、家族が付き添った場合の交通費は対象外です（国税庁No.5/20）。

確定申告の手順

医療費控除もセルフメディケーション税制も、申請の場は確定申告です。給与所得者で他に申告すべき事項がない方も、医療費控除を受けるためには確定申告が必要です。

申告期間は毎年2月中旬から3月中旬です（令和7年分の申告期限は令和8年3月16日でした。令和8年分は令和9年に同様の時期となる予定です）。期限後の申告でも原則5年以内であれば申告可能ですが、早めの手続きをおすすめします。

申告の基本的な流れは次の通りです。

まず、1月から12月の医療費（または対象OTC医薬品購入費）の領収書・レシートをすべて集めます。健康保険から届く「医療費通知」がある場合は、これも活用できます。

次に、医療費控除の明細書（またはセルフメディケーション税制の明細書）に、支払先・医療を受けた人・費用の種類・金額を記入します。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（https://www.keisan.nta.go.jp/）を使うと、画面の案内に沿って入力でき、明細書と確定申告書を同時に作成できます。

確定申告書と明細書を、所轄の税務署へ提出します。提出方法はe-Tax（電子申告）、税務署への持参、郵送の3種類から選べます。

領収書は自宅で5年間保管します（税務署に提出する必要はありませんが、調査があった場合に提示が求められることがあります）。

必要書類の一覧

医療費控除を申請する場合に準備するものは、次の通りです。

セルフメディケーション税制を申請する場合は、上記に加えて次のものが必要です。

明細書の記入は、慣れていないと最初のひと項目で手が止まりがちです。医療費控除の明細書には、医療を受けた人ごと・支払先ごとに、次の4項目を1行にまとめて記入します。記入例を1行だけ示します。

医療を受けた人支払先の名称医療費の区分支払った医療費の額
山田 太郎○○内科クリニック診療・治療32,400円

同じ人・同じ支払先の費用は1年分をまとめて1行に合算できます。例えば同じ歯科医院に5回通った場合は、5回分の合計額を1行で記入します。医療費通知（医療費のお知らせ）を使う場合は、通知に記載された医療機関分はまとめて記入できるため、明細書の行数を大きく減らせます。通知に載っていない市販薬代や通院交通費だけを、自分で別の行に追記する形になります。

セルフメディケーション税制の申請方法

セルフメディケーション税制を申請するには、まず自分が「健康維持・疾病予防のための一定の取組」を行っていることが要件になります（国税庁No.1129・No.1132）。

取組として認められるものは、勤務先の定期健康診断・特定健康診査（メタボ健診）・人間ドック・がん検診・インフルエンザ予防接種・定期接種などです。配偶者や家族が受診しているだけでは要件を満たさず、申告者本人が受けていることが条件です。

対象となる医薬品の購入費は、スイッチOTC医薬品（医療用医薬品から転用された市販薬）が中心です。令和4年（2022年）以降は、対象がスイッチOTCだけでなく、同種の効能・効果を持つ一定の一般用医薬品にも拡大されています。具体的な対象品目の一覧は厚生労働省ホームページ（https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000124853.html）で確認できます。購入したレシートに「セルフメディケーション税制対象」と表示されている場合が多く、商品パッケージに識別マークが印刷されている場合もあります。

制度の適用期間は令和8年（2026年）12月31日までです。令和9年（2027年）以降の延長についてはまだ確定していません。申告を予定している方は、最新情報を国税庁または厚生労働省の公式サイトでご確認ください。

医療費控除とセルフメディケーション税制の比較計算例

ケース1：医療費控除が有利なケース

合計所得600万円・年間医療費（本人＋家族分合算）が30万円で、OTC医薬品購入費は5,000円のケースを想定します。所得税率は20%と仮定します。

医療費控除の場合：

(30万円 − 10万円) = 20万円の控除

節税効果：20万円 × 20%（所得税） + 20万円 × 10%（住民税） = 4万円 + 2万円 = 6万円

セルフメディケーション税制の場合：

5,000円 − 12,000円 = マイナスのため適用不可

このケースでは、医療費控除が断然有利で、約6万円の節税になります。

ケース2：セルフメディケーション税制が有利なケース

合計所得350万円・年間医療費（本人のみ）が6万円で、OTC医薬品（対象品）の年間購入費が4万円のケースを想定します。所得税率は10%と仮定します。

医療費控除の場合：

6万円 − 10万円 = マイナスのため適用不可

セルフメディケーション税制の場合：

4万円 − 12,000円 = 28,000円の控除

節税効果：28,000円 × 10%（所得税） + 28,000円 × 10%（住民税） = 2,800円 + 2,800円 = 5,600円

このケースでは、通常の医療費控除は使えませんが、セルフメディケーション税制で約5,600円の節税になります。

ケース3：年間医療費が10万円前後で両方使えそうに見えるケース

合計所得500万円・年間医療費（本人＋家族分合算）が12万円で、OTC医薬品の年間購入費が2万円のケースを想定します。所得税率は20%と仮定します。

医療費控除の場合：

(12万円 − 10万円) = 2万円の控除

節税効果：2万円 × 20% + 2万円 × 10% = 4,000円 + 2,000円 = 6,000円

セルフメディケーション税制の場合：

2万円 − 12,000円 = 8,000円の控除

節税効果：8,000円 × 20% + 8,000円 × 10% = 1,600円 + 800円 = 2,400円

このケースでは医療費控除を選ぶ方が節税額（約6,000円）が大きくなります。

3つのケースを通じて見えてくる判断の軸は「年間医療費（家族合算）が10万円を超えるかどうか」です。超える年は医療費控除を第一候補に、超えない年はOTC医薬品購入費の合計と12,000円の差額を計算してセルフメディケーション税制の活用を検討するという流れが実務的です。

自分のケースを素早く当てはめられるよう、判断の早見表を載せておきます。総所得が200万円以上の方を想定した目安です（総所得200万円未満の方は、医療費控除の下限が10万円ではなく総所得の5%に下がるため、より少ない医療費でも医療費控除が使えます）。

年間医療費（家族合算）対象OTC医薬品の年間購入費検討する順番
10万円超金額を問わずまず医療費控除で試算。OTC購入が多い年は念のため両方試算して比較
10万円以下12,000円超セルフメディケーション税制を試算。医療費控除は下限割れで使えないことが多い
10万円以下12,000円以下どちらの制度も控除額が出ないため、その年は申告を見送る

早見表はあくまで出発点です。最終的には、両制度の控除額を実際の金額で試算し、節税額の大きい方を選んでください。試算は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で、入力した医療費とOTC購入費から自動的に比較できます。

よくある誤解・つまずきポイント

「医療費通知が届いたのでそのまま使える」と思っていた

健康保険組合などから届く医療費通知（医療費のお知らせ）は、明細書の記載を簡略化するために使えますが、これだけで申告が完結するわけではありません。通知に記載されていない費用（市販薬、通院交通費、歯科の自由診療分など）は別途自分で記入が必要です。また、通知の対象期間が申告年と一致しているかどうかも確認が必要です。

保険で戻ってきた分を差し引き忘れる

入院給付金や手術給付金など、生命保険・医療保険から受け取った保険金は、対応する医療費から差し引く必要があります。医療費控除の計算式は「支払った医療費 − 補填された保険金等 − 基礎控除額」です。保険金を受け取った事実を忘れて全額を医療費として計上すると、計算が過大になります。

「健康診断費用も医療費に入れられる」と思っていた

健康診断（人間ドック・定期健診など）の費用は、原則として医療費控除の対象外です。ただし、健康診断の結果、重大な疾患が見つかり引き続き治療を受けた場合は、健康診断自体の費用も医療費控除の対象になります。また、セルフメディケーション税制を適用するための「取組の証明」として健診の結果通知を使う場合がありますが、健診費用そのものはセルフメディケーション税制の控除対象外です。

自家用車での通院費を計算に入れてしまう

電車やバスが使える状況での通院に自家用車を使った場合、そのガソリン代・駐車場代は医療費控除の対象外です。公共交通機関を使えた場合は、その運賃相当額を対象とすることができます。通院の記録は、利用した交通手段を明記しておくと後から整理しやすくなります。

どちらを選ぶかを後で変えようとする

一度確定申告書を提出した後は、医療費控除とセルフメディケーション税制の選択を変更することができません。更正の請求や修正申告でも変更できないとされています（国税庁No.1131）。申告前に両方の試算を行い、節税額が大きい方を選んで申告することが大切です。

申請チェックリスト

医療費控除・セルフメディケーション税制を申請する前に確認しておきたい項目をまとめます。制度や年によって必要書類が追加・変更されることがあるため、最終確認は国税庁の最新情報でお願いします。

医療費控除を申請する場合のチェックリストは次の通りです。

セルフメディケーション税制を申請する場合は、上記に加えて確認が必要な項目が次の通りです。

よくある質問（FAQ）

Q1. 医療費控除は年間10万円を超えないと使えませんか。

総所得金額等が200万円未満の場合は、基礎控除額が10万円ではなく「総所得金額等の5%」になります。例えば総所得が150万円なら、基礎控除額は7万5,000円となり、医療費が7万5,001円を超えていれば控除の対象になります。10万円という金額は、所得が一定以上の方向けの目安です。

Q2. 歯の治療費はすべて対象になりますか。

治療目的の歯科治療（虫歯治療・根管治療・抜歯など）は対象です。一方、見た目を良くする目的のみの審美歯科や、ホワイトニングは原則として対象外です。インプラントは、治療目的のものは対象になる場合があります。判断が難しい場合は税務署に確認することをおすすめします。

Q3. 出産費用は対象になりますか。

妊婦健診・分娩費用・入院費用は対象です。出産育児一時金などで補填された部分は差し引いて計算します。

Q4. 同居していない親の医療費も合算できますか。

仕送りや生活費の援助をしており「生計を一にする」状態であれば、別居していても対象になります。ただし、申告者本人が実際にその医療費を支払っていることが条件です。

Q5. セルフメディケーション税制の対象OTC医薬品かどうかは、どうやって確認しますか。

ドラッグストアやコンビニのレシートに「セルフメディケーション税制対象」や「SM」と記載されている場合があります。商品パッケージに識別マークが表示されている場合もあります。具体的な対象品目の一覧は厚生労働省ホームページで公開されています。購入時に確認しておくと、後から整理しやすくなります。

Q6. 家族のOTC医薬品購入費もセルフメディケーション税制に合算できますか。

セルフメディケーション税制では、生計を一にする家族のOTC医薬品購入費も合算することができます。ただし、取組の要件（健診等を受けていること）は申告者本人についての要件です。家族が健診を受けているかどうかは問いません。

Q7. 確定申告を一度も経験したことがない会社員です。どこから始めればよいですか。

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（https://www.keisan.nta.go.jp/）が出発点として使いやすいです。画面の案内に沿って医療費の内訳を入力すると、明細書と申告書が自動で作成されます。e-Taxのアカウントを持っていれば、そのままオンライン送信が可能です。申告期間中（2月中旬〜3月中旬）は、多くの税務署が相談窓口を設けています。

Q8. レシートをなくしてしまいました。申請できませんか。

領収書やレシートは、申告後5年間の保管が求められます。紛失した場合は、医療機関や薬局に再発行を依頼するか、健康保険の医療費通知でカバーできる分を活用する方法があります。再発行できない場合は、その分は明細書に記載が難しくなることがあります。

Q9. 申告後に「もう一方を選べばよかった」と思ったら変更できますか。

できません。医療費控除とセルフメディケーション税制は、一度確定申告書を提出した後に選択を変更することが認められていません（国税庁No.1131）。更正の請求や修正申告でも変更できないとされています。申告前に両方の控除額を試算し、節税額の大きい方を選ぶことが最も重要なステップです。

Q10. 給与天引きの社会保険料や生命保険料も医療費控除の対象ですか。

対象外です。社会保険料控除・生命保険料控除はそれぞれ独立した所得控除であり、医療費控除とは別に申告するものです。医療費控除の対象は、実際に病院・薬局等に支払った医療費です。

出典一覧（URL・確認日）

本記事は以下の一次情報を確認した上で執筆しています。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1129.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1131.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1132.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/self-medication.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000124853.html

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shotoku/05/21.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shotoku/05/20.htm

確認日：2026年6月27日

https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shotoku/05/50.htm

確認日：2026年6月27日

免責事項

本記事は情報提供を目的としており、個別の申請代行・書類作成代行・税務上の助言を行うものではありません。制度の詳細・最新の要件・申請手続きについては、各公式サイトまたは担当窓口（税務署・国税庁ホームページ・健康保険窓口）に直接ご確認ください。記事の内容は2026年6月27日時点の情報に基づいています。税制は改正されることがあり、本記事に記載の内容が最新でなくなる場合があります。控除の適用可否や金額の見積もりは、個々の所得・税額・医療費の内訳によって変わるため、具体的な判断については税務署または税理士にご相談ください。

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